یکی از اولین جنبه‌هایی که در آیفون 16 پرو توجه را جلب می‌کند، طراحی ظریف و مقاوم آن است. این دستگاه دارای ابعادی معادل 149.6 x 71.5 x 8.3 میلی‌متر و وزنی 199 گرم است. وزن دستگاه در مقایسه با آیفون 15 پرو، نزدیک به 12 گرم افزایش وزن داشته است که می‌تواند به دلیل استفاده از مواد جدید در ساختار و بزرگ‌تر شدن باتری باشد. اپل از یک محافظ شیشه‌ای که توسط شرکت کورنینگ ساخته شده، هم در جلو و هم در پشت گوشی استفاده کرده است که در کنار فریم تیتانیومی با کیفیت، باعث افزایش مقاومت دستگاه در برابر ضربه و خط و خش شده است. بدنه این گوشی دارای استاندارد مقاومت IP68 است که آن را در برابر نفوذ گرد و غبار و آب تا عمق 6 متری به مدت 30 دقیقه مقاوم می‌کند. این ویژگی برای کاربرانی که به دنبال گوشی مقاوم در برابر شرایط سخت هستند، نکته‌ای بسیار مثبت محسوب می‌شود. اما نکته منفی راجع به طراحی این گوشی، عدم تغییر محسوس نسبت به مدل پیشین است که همواره کمپانی اپل به این دلیل مورد انتقاد قرار می‌گیرد.

آیفون 16 پرو دارای یک نمایشگر 6.3 اینچی LTPO Super Retina XDR OLED است که نه تنها از رزولوشن بالا 1206×2622 پیکسل و تراکم پیکسلی 460 برخوردار است، بلکه با پشتیبانی از فناوری‌هایی مانند HDR10، Dolby Vision  و نرخ بروزرسانی 120 هرتز، یکی از بهترین نمایشگرهای حال حاضر در بین گوشی‌های پرچمدار است. این نمایشگر همچنین دارای حداکثر روشنایی 2000 نیت است که در محیط‌های بسیار روشن نیز محتوای آن به خوبی قابل مشاهده است. ویژگی Always-On Display هم در این گوشی وجود دارد که به کاربران اجازه می‌دهد بدون نیاز به باز کردن قفل گوشی، اطلاعات مهم را مشاهده کنند. همچنین، محافظت از نمایشگر با Ceramic Shield Glass نسل جدید صورت می‌گیرد که مقاومت بسیار بالایی در برابر ضربه و خش دارد.

یکی از نقاط قوت اصلی آیفون 16 پرو، پردازنده جدید آن یعنی Apple A18 Pro است. این پردازنده با تکنولوژی ساخت 3 نانومتری تولید شده و شامل شش هسته پردازشی (2 هسته با فرکانس 4.05 گیگاهرتز و 4 هسته با فرکانس 2.42 گیگاهرتز) است. این ترکیب قدرتمند به همراه GPU شش هسته‌ای اپل، عملکردی فوق‌العاده روان و سریع را ارائه می‌دهد، به ویژه در اجرای بازی‌های گرافیکی سنگین و ویرایش ویدئوهای با کیفیت بالا. طبق گفته‌ی شرکت اپل، گوشی‌های سری 16 از سری 15، 30درصد سریع‌تر و پایدارترند و این پیشرفت بسیار خوبی برای پردازنده سری 16 محسوب می‌شود. در بخش حافظه، آیفون 16 پرو با چهار مشخصه‌ مختلف حافظه داخلی و همراه با 8 گیگابایت رم ارائه می‌شود. این حافظه‌ها از نوع NVMe هستند که سرعت خواندن و نوشتن بسیار بالایی را تضمین می‌کنند. عدم پشتیبانی از کارت حافظه جانبی ممکن است برای برخی کاربران یک نقطه منفی محسوب شود، اما با توجه به گزینه‌های متعدد حافظه داخلی، کاربران می‌توانند متناسب با نیاز خود، حافظه مورد نظرشان را انتخاب کنند.